坂本龍馬の手で救い出された函館新選組は京都につき、時期を伺っていた。
そんな時政府から廃刀令が出され、各場所で士族達の反乱が起きていた。
京都も例外ではなく、治安維持のための組織を模索していた。
京都に身を隠していた新選組隊士達が活躍する時が来たと龍馬が現れる。
そして、京都に新しい自治組織が発足する。
九州で起こる戦いが京都に及ぼす影響とは…