豊臣秀吉の命により、讃岐の地に領地を得た生駒親正は密かに隠密部隊を作る事を打診される。
息子の一正に総指揮権を任せ、独自の方法でメンバーを招集。
その間に親正は城造りや周辺の整備、各武将達との打ち合わせ、
新しいメカの開発など様々な職務を担当する。 高松城と共にメカが完成し、静かに統治が始まった。
そんななか豊臣秀吉による朝鮮出兵が激化し、海の支配がおろそかになる。
ここぞとばかりに九州から悪徳商人が海賊船を率いて上洛を企んでいると青波隊に情報が入る。
メンバーは一致団結し、敵を迎え撃つ。
青波隊は無事にこのピンチを、瀬戸内海を、大阪を、守る事は出来るのか…
そして切なすぎるラストとはいったいなんなのか…。
青波隊の活躍と勇姿を見届けよう。